La decadència (XIII-XIV)

Ponç V s’enemistà amb el bisbe de Girona perquè l’acusava d’enderrocar el castell de Llavaneres. També va apujar el preu de la sal de Castelló que es venia als súbdits reials o eclesiàstics i va impedir l’exportació de viandes a terres reials. Aquests fets li van ocasionar llargs processos davant la justícia reial. El rei Jaume II, dins la seva política d’intimidació als comtes d’Empúries, al 1294 va manar al governador de la vila reial de Torroella Bernat de Llàvia construir el castell del Montgrí sobre una antiga fortalesa del segle XI. La decadència en què va caure el comtat d’Empúries, feu innecessària la finalització del castell, que es va quedar a mig acabar al 1401. Per posar més llenya al foc, una galera d’Empúries va fer presoners a la costa andalusina a 65 súbdits del soldà de Granada, aliat de Jaume II. El comte-rei va preparar un exèrcit per marxar contra Ponç. El comte d’Empúries, totalment embargat pels jueus, hagué de sotmetre’s al 1306 als funcionaris reials, als quals va foragitar amb les armes perquè era contrari als interessos reials. Quan al 1309 va morir l’infant Hug fill primogènit de Ponç V, el germà del comte va esdevenir hereu del comtat. Al 1312 els hospitalers van substituir als templers a la comanda local. EL primer comanador de l’ordre va se Pere Vall

Ponç VI el Malgaulí, comte d’Empúries i vescomte de Bas, va tenir problemes amb nobles i eclesiàstics. Fou excomunicat a causa de les disputes amb l’abat d’Amer per la jurisdicció de Colomers. Va lluitar contra els comte-rei Jaume II el just per la successió al comtat d’Urgell i també contra el comte de Rocabertí per disputes frontereres. Es va casar amb Elisabet de Sicília, la filla il·legítima del rei Frederic II de Sicília.

Al 1317 es va fundar el convent de Sant Domènec al costat del Palau dels Comtes amb frares que provenien del convent de Girona. El nou convent fou construït a extramurs, al barri de Sant Marc. El seu primer prior va ser fra Ponç de Montclús al 1318. L’any 1320 es van fer obres d’ampliació a la comanda de Sant Joan.

Al 1322 Ponç VI Malgaulí va morir sense tenir fills mascles, i la seva filla pòstuma Marquesa d’Empúries va ser declarada hereva tan bon punt va néixer. De tota manera fou desposseïda i el comtat va passar a mans d’Hug VI d’Empúries, vescomte de Cardona i besnét de Ponç IV per línia materna.

Hug VI de Cardona, va bescanviar el comtat per la baronia de Pego, la vila de Xaló i el llogaret de Laguar amb l’infant Pere I comte de Ribagorça i fill del comte de Barcelona. Es va extingir la
primera dinastia comtal amb la mort de Marquesa sense successió al 1327. Al 1325 s’inicia la segona dinastia comtal vinculada al casal de Barcelona.